Günther Kaunzinger debütierte im Alter von 12 Jahren mit Beethovens 2. Konzert B-Dur für Klavier und Orchester. Er studierte Musik, Orgel, Klavier, Dirigieren, Komposition in Nürnberg und Frankfurt (Main). Von 1968 bis 1974 unternahm er Orgelstudien bei Marie-Claire Alain, Maurice Duruflé und Jean Guillou in Paris. Während dieser Zeit gewann er zahlreiche Wettbewerbe und festigte durch häufiges Konzertieren seinen Ruf als bekannter Interpret, vornehmlich der französischen Orgelliteratur.
1974 wurde er auf den Lehrstuhl Orgel der Hochschule für Musik Würzburg berufen und dort zum Leiter der Abteilung Kirchenmusik ernannt. Er ist der einzige deutsche Enkelschüler von Louis Vierne.
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